Emil Skoták schloss das Brünner Konservatorium (Fachrichtung Trompete) und die Janacek Akademie der musischen Künste (Fachrichtung Dirigieren) ab. Nach dem dreijährigen Engagement bei der Nordböhmischen Staatsphilharmonie kehrte er nach Brünn zurück, wo er die Praxis des Korrepetitors, Chormeisters, und Dirigenten des Opernensembles der Redoute, des Chormeisters des Brünner Philharmonieorchesters und des Musikregisseurs beim Tschechischen Rundfunk absolvierte. Er unterrichtet Dirigieren an der Janacek Akademie der musischen Künste und ist Gastdirigent verschiedener Sinfonieorchester. Seit 1991 arbeitet er mit dem Stadttheater Brno zusammen (Ein Sommernachtstraum, Bastard, West Side Story, Radúz und Mahulena, Babylon).
