Jana Kališová schloss Bühnenregie an der Akademie der musischen Künste Prag ab und absolvierte zahlreiche Engagements an den Theatern Most, Karlovy Vary, Prag, Pardubice. Als Gastregisseurin wirkte sie am J. K. Tyl Theater in Pilsen, in der Prager Viola, Redoute, am Theater Divadlo pod Palmovkou, im Schauspielstudio Ústí nad Labem und am Prager ABC Theater.
Neben der Bühnenregie widmet sich Jana Kališová auch der Opernregie. Sie arbeitete mit der Oper des Südböhmischen Theaters České Budějovice zusammen, wo sie Mozarts Cosi fan tutte, Gassmanns Kritische Nacht (Regiepreis auf dem Festival des tschechischen Musiktheaters) Tschaikowskys Eugen Onegin (Nominierung für die Inszenierung des Jahres 1995) inszenierte. Am J. K. Tyl Theater Pilsen bereitete sie unter anderen die tschechische Uraufführung des Catilina von Antonio Salieri (1997) vor. An der Oper des Nationaltheaters Prag inszenierte sie Smetanas Zwei Witwen (1996), Verdis Traviata (1998) und Mozarts Don Giovanni (2000), mit der sie eine erfolgreiche Japantournee absolvierte. Mit Stadttheater Brno arbeitete sie an den Inszenierungen Der Parasit, Vergebliche Liebesmüh und Trauer muss Elektra tragen zusammen.